馬刺的第二次奪冠之旅是在2003年，相信有些的球迷應該都還記得，那是David Robinson退休的時刻。當年在海軍上將早早就宣佈這是他最後一年的情況下，馬刺一票老將和菜鳥圍繞著無人可擋的Tim Duncan（那年他衛冕了MVP），先在西區準決賽力退三連霸湖人，接著西區冠軍賽擊敗達拉斯小牛，冠軍賽遇上另外一位準MVP，也是上一篇主角的Jason Kidd所率領的籃網隊，再次以4-2在自家主場獲勝，讓大羅得以在最完美的劇情下退休。
如果攤開這一年馬刺的奪冠陣容，會發現著實星光閃閃，陣中有六位生涯進過明星賽的球員：Robinson、Kevin Willis、Steve Smith、Duncan、Manu Ginobili和Tony Parker；而再過幾年，很可能會看到這之中有四位名人堂球員。然而現實的情況是，此時正好是老將日薄西山，小將還稚氣未脫的時候。這一年是Manu的新人年、Parker也不過才二年級；Robinson在奪冠後直接退休自不待言，Willis當時已經40歲，而Smith在兩年後退休以前，上場時間再也沒有超過每場15分鐘。事實上，這正是2003馬刺奪冠陣容的縮影，當年馬刺有六位進入聯盟在三年以下的菜鳥，也有五位年資十二年以上的老將。簡單來說，如果不是Duncan一夫當關，馬刺根本不可能成為奪冠勁旅，更遑論最後美夢成真，這現象也直接反映在數據上，季後賽Duncan的Win Share值達到5.9，史上第一。
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於是隔年制服組為此好好整頓了一番。首要之務是以七年1.2億美金的價碼，簽回了跳出合約的Duncan。這次不比2000年，雖然Duncan一樣是自由之身，但大家都知道他哪裡都不會去。接著，制服組利用老將們退休所空出來的薪資空間大顯身手，主力替補控球Speedy Claxton受到勇士青睞琵琶別抱，得分後衛Stephen Jackson則想要一紙高薪合約，馬刺透過和國王、溜馬的三方交易，拿到了溜馬的射手Ron Mercer以及在國王苦無空間的優質前鋒Hedo Turkoglu，卻僅僅送出原本就會退休的老將Danny Ferry！Ferry到溜馬之後馬上宣佈退休，回任馬刺制服組，可說是無本生意的經典之作。而這筆交易也讓Jackson死心，只能和老鷹簽下平均200萬的短約。另外，大羅空下的薪資空間和位置，馬刺則找上了來自灰狼的斯洛維尼亞籍中鋒Rasho Nesterovic；最後再簽下季後賽交手時，錯失了第五戰逆轉絕殺機會的關鍵先生Robert Horry作為Duncan的替補，陣容大致底定。
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即使加上前一年跑龍套的後衛Devin Brown，以及精神意義居多的老將Kevin Willis，奪冠班底也不過剩下七人而已。這樣徹底改頭換面之後，想當然爾需要很多時間磨合。特別是17年來，第一次在隊中看不到David Robinson的身影，所失去的可不只是實際的戰力而已。另外，Parker和Ginobili正準備嶄露頭角，馬刺的打法顯然也要調整；Nesterovic不像大羅一樣能夠鋪天蓋地得補防，但他在面對傳統中鋒尚屬堪用、Turkoglu才華洋溢，能夠打2號到4號的位置，卻也讓人在安排上費思量。一切種種，都考驗著Gregg Popovich和第一次獨挑大樑的Duncan。
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當年的聯盟也是風起雲湧，東區溜馬、活塞、籃網三強鼎立，溜馬以老驥伏櫪的Reggie Miller為首，搭配一票包含Jermaine O’Neal在內的強悍年輕人，誓言在大嘴的生涯末期拼個冠軍，也以61勝拿下聯盟第一種子；活塞在名帥Larry Brown的帶領下，將汽車城的藍領精神發揮到極致，雖然季前選秀選擇了非即戰力的Darko Milicic，但季中靠著老鷹相助，補上了最後一塊拼圖Rasheed Wallace，整體戰力驚人；籃網則是連兩年在冠軍賽鎩羽而歸，企圖再次回到最終舞台。西區則更加詭譎多變：在天寒地凍的明尼蘇達沉悶多時的狼王Kevin Garnett，終於迎來了幫手，而且一次還是兩個。有了Sam Cassell和Latrell Sprewell的相助，灰狼戰績一飛沖天，58勝拿到西區第一種子，Garnett也順理成章拿下MVP；而強權國王本季命途多舛，Chris Webber因為膝傷報銷，但Peja Stojakovic打出驚人表現，讓國王依舊以第四種子進入季後賽。
不過整個聯盟的話題恐怕都集中在同一隊身上。去年關門戰在主場被血洗的洛杉磯湖人隊捲土重來，在季外網羅了指上猶虛的兩位名人堂級老將Karl Malone和Gary Payton，用現在的話說就是復仇者聯盟。雖然因為傷病和磨合問題，戰績並沒有非常驚人。但在整合完畢後，三月拉出11連勝，最終以西區第二種子進入季後賽。（雖然當年馬刺比湖人多一勝，不過由於湖人是分組冠軍，保障前二種子，但兩隊相遇時主場優勢仍屬馬刺）
馬刺同樣也整合了強悍的團隊戰力，12月初一波13連勝，季末更是以11連勝收尾。西區第三種子，第一輪要面對的是隊史首次進入季後賽的曼菲斯灰熊隊。季後賽經驗的差距完全反映在比賽內容上，馬刺主場的前兩戰分別以98-74、87-70輕鬆收拾對手，灰熊回到曼菲斯之後力圖振作，在第三戰最後兩分半鐘取得91-90領先，無奈之後進入得分乾旱期，馬刺雖然罰球爛得可以，連續三次兩罰中一，但Mike Miller最後一擊的三分沒中，讓馬刺依舊以95-93取得三連勝。關門戰馬刺更是火力全開，首節就取得11分領先，在Parker全場29分13助攻的帶領之下，110-97讓灰熊在主場慘遭橫掃放暑假。這系列除了Duncan繼續演出平均24分10籃板2.5火鍋的常態水準之外，Parker的猛爆表現絕對是能夠橫掃灰熊的關鍵。這位三年級小將平均21分8.5助攻，投籃命中率52.7%，三分球更是投16中11！馬刺至此連同季末已經15連勝，帶著這樣的氣勢回到主場，迎接本年度最大的挑戰：F4的洛杉磯湖人。
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在這一系列的對戰中，雖然兩隊都是兵多將廣，但大體上還是雙人組合的對決：Duncan+Parker對上O’Neal+Kobe，其餘不論是Manu、Horry、Turkoglu或是Malone和Payton，作用都是用來牽制對方主力。誰能多守住對面一點，降低自己受創的程度，就能夠在進攻時讓主將無後顧之憂地攻擊。在聖安東尼奧的前兩戰，Parker繼續橫行無阻，將新人年時被Payton狠狠教訓的舊恨完全發洩出來，第一戰20分9助攻、第二戰更是拿下了30分！他和Duncan擋切之後抓準湖人內線速度不夠的弱點，遠投近切無往不利，讓以防守聞名的手套Payton顏面無光。馬刺先後以88-78、95-85拿下二連勝，眼看前途一片光明。
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然而回到了洛杉磯，湖人開始反擊。第三戰馬刺集體中邪，Duncan帶領的先發五人命中率低到只有26%，反觀湖人諸將將士用命，O’Neal超過八成的命中率拿下28分，全隊命中率56%，以105-81狠狠教訓了馬刺一頓。而第四戰換成Kobe跳了出來，全場42分，歐布連線合計70分演出，成為湖人標準的勝利模式；馬刺這邊Duncan和Parker持續遭到重兵看管，名人堂等級的防守者Malone和Payton加上協防，讓兩人連續兩場遭到壓制，反倒是板凳上的Ginobili得到21分是全隊最高，馬刺以90-98再度敗北，雙方重演去年的戲碼，各取兩場主場。
然後是一場經典的焦土戰，終場讀秒時刻Duncan在O’Neal面前，近乎走步的勉強出手，逆轉的空心球。
然後是兩次20秒的暫停，以及Derek Fisher在剩下0.4秒時，左邊接球轉身的出手，以及狂奔跑回休息室的身影。
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馬刺帶著2-3到洛杉磯尋求客場扳平的機會，然而外線無法支援，三分線合計24投3中的悽慘命中率，就是讓禪師夾死Duncan和Parker的最好憑藉。Parker再度回到新人年的夢魘，18投4中，9分6失誤的演出，讓馬刺終究無法將戰線延長到第七戰。76-88，湖人復仇成功。
後來的故事大家也都很清楚了，湖人帶著極高的呼聲繼續向前，在西區冠軍賽淘汰了第一種子灰狼隊，不過冠軍賽面對活塞隊時，Karl Malone的受傷加上活塞的防守奏效，大爆冷門地以1-4敗北，也造成了F4解體，Malone含恨退休，O’Neal遠走邁阿密的聯盟巨變。而馬刺，則迎來他們第二個衛冕失敗的球季。